受到碧姬公主邀請，瑪利歐來到祭典。可是在城堡等待著瑪利歐的卻是被變成摺紙的碧姬公主和摺紙「奧利王」。奧利王先把奇諾比奧等人摺成紙片，宣言要把整個世界變成摺紙。瑪利歐和奧利王的妹妹「奧莉維亞」一起在世界到處奔跑，有時會與紙片庫巴軍團合作，爲了阻止奧利王的野心一同前往碧姬公主城堡。
玩家在本作中將一邊找尋被變成摺紙的奇諾比奧，一邊使用新玩法「神祇之手」一邊解謎一邊進行遊戲。在「拼圖 × 動作」的新系統中和襲擊瑪利歐的摺紙兵戰鬥。敵人會從360 度席捲而來，確實轉動、排列、一鼓作氣打倒敵人。
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